Nuôi trồng rong biển có thể gây ra một số vấn đề môi trường nếu không được quản lý tốt. Đôi khi những người nông dân trồng rong biển chặt phá rừng ngập mặn để sử dụng làm cọc cho dây thừng của họ. Tuy nhiên, điều này ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động canh tác vì nó làm giảm chất lượng nước và làm giảm đa dạng sinh học rừng ngập mặn. Người nuôi trồng cũng có thể loại bỏ cỏ lươn khỏi khu vực nuôi của họ. Tuy nhiên, điều này cũng không được khuyến khích vì nó ảnh hưởng xấu đến chất lượng nước.[25] Bản thân một số loài cỏ lươn, như Zostera marina, có giá trị dinh dưỡng và có tiềm năng là một nguồn lương thực thay thế.[26][27][28]

Ở Vương quốc Anh, Maine và British Columbia, chỉ được phép trồng các loại rong biển bản địa, do lo ngại việc du nhập các giống ngoại lai có thể phá vỡ hệ sinh thái địa phương.[29]

Nuôi trồng rong biển giúp bảo tồn các rạn san hô[30] nhờ vào việc làm tăng tính đa dạng sinh học, đồng thời nó cũng cung cấp thêm môi sinh cho các loài cá và động vật thân mềm sống tại địa phương.

Nuôi cấy rong biển cũng giúp bẫy lọc, hấp thụ và chuyển hoá các chất dinh dưỡng thừa trong môi trường biển vào mô sống. "Sinh chiết dinh dưỡng" hay "thu hoạch sinh học" là thuật ngữ để chỉ việc xử lý ô nhiễm môi trường bằng sinh vật, liên quan đến nuôi trồng và thu hoạch các loài thân mềm có vỏ và rong biển để loại bỏ nitơ và các chất dinh dưỡng khác từ các thủy vực tự nhiên.[31]

Đã có các đề xuất về việc trồng rong biển quy mô lớn trong đại dương mở để cô lập carbon và giảm thiểu biến đổi khí hậu.[32][33] Một số nghiên cứu học thuật đã chứng minh rằng các khu rừng rong biển gần bờ tạo thành một nguồn carbon xanh, vì các mảnh vụn rong biển được mang theo các dòng sóng vào giữa đại dương sâu, do đó cô lập carbon.[8][7][34][35][36] Hơn nữa, không có gì trên Trái Đất hấp thụ carbon nhanh hơn Macrocystis pyrifera (tảo bẹ khổng lồ), một loài có thể phát triển chiều dài lên đến 60m, với tốc độ 50cm mỗi ngày trong điều kiện lý tưởng.[37] Do đó, có ý kiến cho rằng việc trồng rong biển ở quy mô lớn có thể có tác động đáng kể đến biến đổi khí hậu. Theo một nghiên cứu, việc bao phủ 9% đại dương trên thế giới bằng rừng tảo bẹ “có thể sản xuất đủ methane sinh học để thay thế tất cả các nhu cầu ngày nay về nhiên liệu hóa thạch, đồng thời loại bỏ 53 tỷ tấn CO2 mỗi năm khỏi khí quyển, khôi phục mức độ tiền công nghiệp”.[38]

Nuôi trồng rong biển có thể là bước khởi đầu để thích ứng với các tác động môi trường không thể tránh khỏi do biến đổi khí hậu trong tương lai gần. Các trang trại rong biển giúp bảo vệ bờ biển thiết yếu thông qua việc tiêu tán năng lượng sóng, đặc biệt quan trọng đối với các bờ biển ngập mặn.[2] Việc hấp thụ CO2 sẽ làm giảm độ pH cục bộ, điều này rất có lợi cho các động vật có vỏ vôi hoá, như các loài giáp xác, và ngăn chặn quá trình tẩy trắng san hô. Cuối cùng, nuôi trồng rong biển và tái tạo đại dương sẽ cung cấp một lượng oxy lớn cho các vùng nước ven biển, do đó chống lại tác động của quá trình khử oxy đại dương do nhiệt độ tăng lên.[7][39]